L’Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso comprend une école et cinq instituts placés chacun sous la responsabilité d’un directeur assisté d’un directeur adjoint. L’école et les instituts sont des établissements d’enseignement et de recherche ayant en leur sein plusieurs départements ouvrant sur des spécialités diverses.
IDR
Filière des ingénieurs du développement rural
Filière de formation en vulgarisation agricole
ISNV
Filière DEUG AGRO
Filière Génie Biologique
IUT
Génie Electrique option électrotechnique (GE/Electrotechnique)
Génie Electrique option électronique (GE/Electronique)
Génie Industriel et Maintenance (GIM)
Génie Mécanique et Productique (GMP)
Gestion Commerciale et Finances-Comptabilité (GC/FC)
Secrétariat de Direction (SD)
Institut de Développement Rural
Institut Universitaire de Technologies
Institut Supérieur des Sciences de la Santé
École Supérieure d’Informatique
Unité de Formation et de Recherche en Sciences en Sciences Humaines, Lettres, Arts et Communication.